Quelques défis rencontrés par l’AREEN sont entre autre le manque de données statistiques de référence pour faciliter la planification, le manque de procédures de gestion des infrastructures d’assainissement au niveau local, la non appropriation des infrastructures d’assainissement construites par les bénéficiaires, etc.
Le rapport d’analyse comparative pour la gestion des services publics d’eau et d’assainissement produit par ESAWAS dont le Burundi est devenu membre en 2016, a montré que la couverture d’eau potable dans les milieux urbains varie de 55% à 90%. La couverture d’assainissement urbain par réseau d’égouts varie quant à elle de 4,2% à 27,4%. Le rapport d’analyse montre que plus de 50 millions de personnes au sein de la population urbaine combinée dans les 8 pays membres d’ ESAWAS, dépendent des solutions d’assainissement sans égouts.
Même à ce niveau de couverture, les égouts ne sont souvent pas reliés aux stations d’épurations ou ne sont pas bien fonctionnels, ce qui entraîne un rejet des eaux usées non traitées dans le sol ou les masses d’eau, selon toujours le rapport d’analyse comparative pour la gestion des services publics d’eau et d’assainissement.