Devenu le leader charismatique du CNDD-FDD au maquis, c’est lui qui conduit sa délégation aux négociations de paix en Afrique du Sud et en Tanzanie, qui aboutiront à un accord global de cessez-le-feu en 2003 avec le gouvernement de l’époque, mettant ainsi fin à une longue guerre civile. Au retour du maquis, Pierre Nkurunziza est nommé ministre d’Etat chargé de la bonne gouvernance.

Pierre Nkurunziza fut élu à la magistrature suprême en 2005, par un collège électoral du parlement. Il est réélu en 10, cette fois par suffrages directs avec une victoire écrasante. Le nouveau Chef d’Etat va axer sa politique sur la réconciliation nationale, la relance économique et la stabilité politique. En 2015, Pierre Nkurunziza fut désigné candidat à l’élection présidentielle par son parti, le CNDD-FDD, une candidature qui a été contestée par une frange de la population burundaise.

Ces contestations aboutiront le 13 mai 2015 à un coup d’Etat avorté alors que feu Président Pierre Nkurunziza était en mission en Tanzanie. Il fit néanmoins un retour triomphal et rétablit l’ordre et la stabilité. Le déroulement des élections de 2015 fut salué par l’ensemble de la communauté nationale et internationale et la présidentielle a été largement remportée par Pierre Nkurunziza.

Sous son dernier mandat, beaucoup de rapports que le peuple burundais qualifiait de mensongers, et de résolutions contre le Burundi ont été produits. Parmi ces résolutions figure le déploiement des troupes étrangères dont la MAPROBU, sur le sol burundais. Au nom de la souveraineté nationale, le Président Pierre Nkurunziza, soutenu par les burundais s’oppose à cette résolution qu’il a qualifié d’ingérence étrangère. Le gouvernement de Pierre Nkurunziza n’a pas seulement rejeté ces rapports et résolutions, il a aussi pris la décision de se retirer de la Cour Pénale Internationale (CPI), après avoir constaté que cette juridiction internationale était instrumentalisée par les grandes puissances. Plus tard, d’autres pays lui ont emboité le pas et se sont désengagés de la CPI.
Les partenaires traditionnels du Burundi ont alors décidé de suspendre leurs programmes de coopération avec le Burundi, en l’occurrence, la suspension des appuis financiers.

Face à cette décision injuste, Pierre Nkurunziza est resté inébranlable et a encouragé le peuple burundais à apprendre à voler de ses propres ailes, ce qu’il a concrétisé par la bonne gestion de la chose publique. Ainsi, les recettes fiscales du pays ont connu un bond, de telle sorte que le Burundi arrive à financer à hauteur de presque 90% son budget annuel. Grâce à cet esprit patriotique, le Burundi a organisé les élections référendaires de 2018 et les élections générales de 2020 sans compter sur l’aide extérieure.

Brave et courageux, Pierre Nkurunziza était attaché à l’unité, à la paix et la sécurité, à la justice, à la souveraineté du Burundi. Il était en contacte permanent avec la population à travers plusieurs descente sur terrain. Lors de ses descentes, il disait chaque fois à la population, au corps de défense et de sécurité, à l’administration et à l’appareil judiciaire, qu’il ne peut y avoir de développement sans qu’il y ait de paix et recommandait à tout un chacun d’apporter sa contribution dans le maintien de la paix et la sécurité.

Le sens patriotique de Feu Président Nkurunziza apparait dans les séances de moralisation qu’il a initiée et qu’il organisait à l’intention des différentes couches sociales de la population burundaise. Revenant sur l’histoire du Burundi, ces séances étaient destinée rappeler les difficultés rencontrées avec la colonisation d’en tirer des leçons et de les surmonter.

L’an 2018 aura été une année spéciale car le Burundi s’est doté d’une nouvelle constitution par voie référendaire. Après les cérémonies de promulgation et de présentation de cette nouvelle constitution, Pierre Nkurunziza, épris de démocratie, a annoncé qu’il ne se représenterait pas aux élections présidentielles de 2020 même si cette loi fondamentale ne l’en empêchait pas. Une décision qui a surpris certains burundais et une partie de la communauté internationale.

Cette nouvelle constitution comportait quelques innovations dans l’organisation des institutions burundaises, notamment le mandat présidentiel qui passait de 5 à 7 ans et le remplacement des deux vice-présidences par la Primature, responsable de l’action gouvernementale.

Sur le plan administratif, la présidence de Feu Pierre Nkurunziza a été marquée par l’instauration de la loi n° 1/04 DU 04 février 2019 portant fixation de la capitale politique et de la capitale économique.

Ainsi la province Gitega devient la capitale politique et Bujumbura la capitale économique de la République du Burundi. L’organisation territoriale a vu la naissance province Rumonge composé des communes Rumonge, Buyengero, Burambi, Muhuta et Bugarama. Cette 18ème province a été créée par la loi n° 1/10 DU 26 mars 2015 portant création de la province Rumonge et la délimitation des provinces Bujumbura, Bururi et Rumonge

Feu Président Pierre Nkurunziza s’était distingué par son amour de la patrie. Il a en effet concrétisé sa politique d’unité et de réconciliation nationale par la mise en place des mécanismes de réconciliation et de cohabitation pacifique dont la Commission Vérité et Réconciliation (CVR) et la Commission Terre et Atres Biens (CNTB) pour la recherche de la vérité sur tous les malheurs qui ont endeuillé le pays.

Convaincu que le Burundi doit être un Etat e Droit, l Nkurunziza a mis en place la Commission Nationale Indépendante des Droits de l’Homme et l’Institution de l’Ombudsman de la République du Burundi. Ces institutions permettent au citoyen lésé de trouver où se plaindre pour faire valoir ses Droits

Au chapitre des ses fonctions au sein de son parti politique, Pierre Nkurunziza a dirigé le CNDD-FDD depuis le maquis jusqu’en 2005. Deux ans après, il a été désigné par son parti pour être à la tête du conseil des sages.
En 2018, grâce à ses idées innovantes, Pierre Nkurunziza a été élevé au rang de guide visionnaire du parti CND-FDD.
En janvier 2020, Pierre Nkurunziza a joint la parole à l’acte lors du congrès du CNDD-FDD tenu à Gitega, en laissant son parti choisir un autre candidat à l’élection présidentielle. A l’issue de ce congrès, le Secrétaire général du CNDD-FDD de l’époque, Evariste Ndayishimiye a été choisi pour représenter le parti à l’élection du 20 mai 2020.

En guise de reconnaissance de ces mérites Pierre Nkurunziza a été proclamé Guide suprême du patriotisme par le décret-loi n° 1/06 du le 10 mars 2020.
Le Président Pierre Nkurunziza a rendu son âme, le 8 juin 2020, après la proclamation définitive des résultats des élections de 2020 par la Cour constitutionnelle, reconnaissant la victoire du candidat du parti CNDD FDD, Evariste Ndayishimiye. Il laissa le pays politiquement stable et prospère sur le plan économique.